专利申请的整个流程按以下顺序执行：
第一步：（由发明人做）
由发明人将专利申请文件交东南大学科研院基地与成果管理办公室知识产权办，可由发明人直接指定代理机构和代理人，知识产权办按发明人的指定交代理机构和代理人（发明人没有指定的，由知识产权办统一安排），同时发明人要在东南大学的专利管理网上填写“东南大学专利申请登记表”，在办公系统中（东南大学数字化校园专利管理信息系统）填报专利申请的相关信息。
第二步：（由代理机构做）
由代理机构指定专业对口的代理人（或由发明人直接指定的代理人）对申请文件进行整理和修改，在与发明人反复沟通和商讨后由双方定稿（不得由单方定稿），定稿后2个工作日内报国家知识产权局专利局。
第三步：（由代理机构做）
代理机构收到国家知识产权局的受理通知书后，一周内交给东南大学知识产权办（每周一交一次）；代理机构先垫交相关费用，再与东南大学知识产权办办理缴费手续（每月或一季度一次）。
第四步：（由东南大学知识产权办和发明人做）
由东南大学知识产权办通知发明人交盖院系公章的包括服务质量反馈意见的“东南大学专利申请登记表”、盖院系公章的“东南大学转账凭单”（1000元），同时领取专利受理通知书，（专利申请登记表、转账凭单在东南大学的专利管理网上填写打印）”，同时办理其它相关事务。
第五步：（由代理机构做）
经国家知识产权局专利局审查后，由国家知识产权局专利局发出的补正书、审查意见通知书、驳回通知书和视为撤回通知书等中间文件，代理机构要在一周内通知发明人；其中，驳回通知书、视为撤回通知书代理机构要在一周内通知东南大学知识产权办。
第六步：（由发明人做）
发明人按期答复由国家知识产权局专利局发出的补正书、审查意见通知书、驳回通知书和视为撤回通知书等中间文件，交给代理人。
第七步：（由代理机构做）
国家知识产权局专利局发出的授予专利权通知书代理机构要在一周内通知东南大学知识产权办，代理机构先垫交相关费用，再与东南大学知识产权办办理缴费手续（每月或一季度一次），东南大学一次性缴纳证书费、印花税、出版费、维持费、专利授权后的前3年年费。
第八步：（由代理机构做）
专利授权3年后的年费（即专利授权后第四次年费）由代理机构提前3个月通知发明人，由发明人决定是否支付，若发明人要继续维持专利权，其费用由发明人自己解决并直接支付给代理机构，由代理机构代缴。
第九步：（由代理机构做）
国家知识产权局专利局发出的视为放弃专利权通知书，代理机构要在一周内通知发明人和东南大学知识产权办。
